Ой какая каша.((
Менингит, артрит и тд - это "клиническое" название, обозначающее - что именно поражено и каким образом (в данном случае воспаление мозга, воспаление сустава, если по-простому). Вызываться эти вещи могут разными причинами, в том числе инфекциями, в том числе боррелиозом. Тогда говорят "боррелиозный артрит", например, это уже будет говорить о причине воспаления, а не просто констатировать факт его наличия.
Лечить нужно параллельно: устранять причину, т.е. возбудителей, и уменьшать симптомы (интоксикацию, боли, отеки и тп).