Многие высокоиммуногенные белки B. burgdorferi s.l. неспецифически распознаются антителами, направленными против других патогенов. Это относится и к таким антигенам, как OspC, BmpA, VlsE и FlaB, т.е. к тем, которые обычно используются в серодиагностических анализах. Перекрестные реакции могут быть вызваны как бактериальными (возвратная лихорадка Borrelia, Treponema pallidum), так и вирусными (вирус Эпштейна-Баар, цитомегаловирус) инфекциями. Кроме того, было показано, что ревматоидный фактор неспецифически распознает белки B. burgdorferi s.l., что приводит к ложноположительным результатам. Поэтому необходимо тщательно интерпретировать результаты серодиагностических тестов, чтобы избежать гипердиагностики болезни Лайма, которая приводит к неоправданному применению сильной антибиотикотерапии и задержке постановки правильного диагноза.