По боррелиям. Антибиотики в Вашей ситуации могли бы повлиять в том смысле, что если недавно заразились и есть только М, то с началом лечения АБ G могут и не вырабатываться. Такие примеры были на форуме. Для Вас это уже не важно, диагноз БЛ есть, по крайней мере есть ИФА.
Хламидия пневмония и прочие коинфекции - не могу сказать, как влияют АБ на выработку антител. На многие доксициклин не действует или действует слабо. А если есть те, на которые действует, так уж лучше не терять столько времени.
В любом случае для Вас лучше имхо не прерывать лечение, а сообщить о нем врачу. Врач все равно будет анализировать не только анализы, но и все Ваши симптомы в динамике от самого начала болезни. Это постарайтесь поточнее припомнить и подробно, но систематично изложить врачу. И какие лучше сдать анализы - тоже пусть уж лучше он посоветует исходя из Ваших симптомов.
Лямблии всякие - это можно и здесь проверить. И не забудьте перед поездкой сделать развернутый анализ крови, мочи, биохимию, ЭКГ. Если есть какие-то проблемы с внутр. органами - то соотв. УЗИ и пр.