ПЦР это верификация диагноза, а не истина в последней инстанции, всего лишь один из методов понять, что лечение не было успешным. То что у вас не нашли я не удивлен. Вы же наверняка сдавали кровь (в которой боррелия не живет, ткани более комфортная среда), да не в острый период. А нужно знать откуда брать, даже в ликворе при неврологической симптоматике не всегда можно найти (просто потому, что локализация совсем другое место). Это касается и таких стмптомов как парестезии, как у вас были, ЕМНИП.
Я это к чему? Если на положительные имунологические анализы после лечения смотреть вообще нельзя, то в случае с ПЦР это весьма весомый аргумент, чтобы готовиться к новому курсу лечения.