Ингибирование РНК-зависимой РНК-полимеразы COVID-19 природными биоактивными соединениями: молекулярный докинг-анализ
Известно, что фенольные соединения обладают противовирусной активностью против многих вирусов, таких как HCV и ВИЧ, благодаря взаимодействию их фенольных колец с вирусными белками и / или РНК, или через его регулирующую передачу сигналов киназы MAP в защите клетки-хозяина. Настоящее исследование направлено на оценку полифенольных соединений (галловая кислота,
кверцетин, кофеин, ресвератрол, нарингенин, бензойная кислота, олеуропеин и эллаговая кислота) в качестве ингибиторов РНК-зависимой РНК-полимеразы COVID-19 (PDB ID 6M71) с использованием молекулярного стыковки.
...
Ремдесивир и рибавирин использовались в качестве стандартных противовирусных препаратов для сравнения. Результаты стыковочного анализа, ранжированные по значению энергии связывания (ΔG) нескольких протестированных лигандов в отношении полимеразы COVID-19, были: ремдесивир> галловая кислота>
кверцетин> кофеин> рибавирин> ресвератрол> нарингенин> бензойная кислота>
олеуропеин> эллаговая кислота. Энергии связи составляли -8,51, - 7,55, - 7,17, -6,10, - 6,01, - 5,79, - 5,69, - 5,54, - 4,94 и -4,59 ккал / моль соответственно. Все протестированные полифенолы образовали водородные связи с одной или двумя аминокислотами из нуклеотидтрифосфатного канала входа (NTP) в полимеразе COVID-19 (ARG 555, ARG 555, LYS 545), за исключением кофеина и олеуропеина. Связывание полифенолов с NTP полимеразы COVID-19 может влиять на проникновение субстрата и двухвалентных катионов в центральную полость активного центра, подавляя активность фермента. Кажется многообещающим, что галловая кислота и кверцетин проявляли более высокое сродство связывания, чем рибавирин, с полимеразой COVID-19, а также имели хорошее сходство с лекарственными средствами и фармакокинетические свойства. Следовательно, галловая кислота и кверцетин могут представлять собой потенциальный вариант лечения COVID-19. Срочно необходимы дальнейшие исследования для изучения потенциального использования этих полифенолов в лечении COVID-19. Кроме того, ресвератрол, нарингенин, бензойная и эллаговая кислоты, по-видимому, имеют лучший потенциал действовать в качестве ингибиторов полимеразы COVID-19.
Кверцетин: виноград, ягоды, яблоки, цитрусовые, лук, брокколи, помидоры и черный чай.
Нарингенин: цитрусовые, такие как апельсины, мандарины, грейпфрут, и кислые цитрусовые, а именно лимоны, бергамоты и лаймы.
Олеуропеин: оливковое масло первого отжима
Кофеин: какао-бобы, орехи кола, чайные листья и кофейные зерна.
Эллаговая кислота: гранат, клубника, орехи и семена.
Бензойная кислота: клубника, кайенский перец и семена горчицы, гвоздика и корица.
Ресвератрол: виноград, вино, арахис и соя.
Галловая кислота: черника, ежевика, клубника, виноград, манго и чай.