Про российские тесты ПЦР , в том числе от Вектора.
Тест на коронавирус для России
pcr.news
Набор
Что должен включать набор для выявления РНК коронавируса в образцах? Три компонента: реагенты для экстракции РНК, реагенты для обратной транскрипции, то есть перевода РНК в ДНК, и реагенты для ПЦР. Последний компонент состоит из ферментов, буфера и праймеров — олигонуклеотидов, комплементарных каким-либо последовательностям генома коронавируса.
В наборе «Вектора» есть только этот последний компонент, а для выделения РНК и обратной транскрипции предлагается использовать наборы других производителей. В частности, для выделения РНК вируса предлагают использовать «Рибо-сорб» (ЦНИИЭ, Россия) или аналоги, причем работу на этой стадии нужно проводить в помещении с классом биозащиты BSL-3.
Мы предполагаем, что такая «урезанная» комплектация возникла из-за того, что тест нужно было создать очень быстро, поскольку как-то анализы нужно было проводить. Тем не менее это крайне неудобно для лабораторной диагностики.
Контрольные образцы
Тест-системы такого типа всегда включают положительный и отрицательный контрольные образцы. Они есть в тесте «Вектора»: раствор рекомбинантной плазмиды со вставкой ДНК, комплементарной участку генома коронавируса, и очищенная вода.
Однако обычно тест-системы включают еще и внутренний контрольный образец — молекулу РНК, защищенную от действия нуклеаз, которую при анализе добавляют в образец на первой стадии — стадии выделения, чтобы она вместе с мишенью проходила все этапы лабораторного исследования и в конце дала свой собственный сигнал, который покажет, что на всех этапах все было хорошо.
В тесте «Вектора» такого образца нет, поскольку и сам тест не рассчитан на использование с первой стадии. То есть если что-то пойдет не так в конкретной пробирке, определить ошибку будет нельзя.
Чувствительность
Заявленная чувствительность тест-системы ГНЦ «Вектор» — 10
5 копий плазмид на миллилитр, содержащих вставки ДНК, комплементарные участку генома коронавируса. Высокая это чувствительность или низкая? По современным меркам — низкая.
Например, наборы, которые выпускаются в России для других РНК-мишеней — вирусов гриппа, норовируса, ротавируса — Центральным НИИ эпидемиологии или компанией «ДНК-технология», имеют чувствительность 10
3 на миллилитр. Разница на два порядка. Даже если не учитывать потери при обратной транскрипции (а чувствительность системы, как следует из инструкции, определяется по числу копий ДНК).
У уже зарегистрированного набора ЦСП чувствительность как раз 10
3 в мазках со слизистой (так указано в инструкции к набору, которая имеется в распоряжении редакции). По нашей информации, примерно такой же чувствительности добиваются в разработке НИЦ им. Н.Ф. Гамалеи.
И генеральный директор компании «ДНК-технология» Владимир Колин говорит:
«Мы пока не проверяли на реальных образцах, но рассчитываем выйти на чувствительность 10
3 на миллилитр».
Наверное, в тех условиях, в которых создавалась система «Вектора» — в России не было клинических образцов от пациентов и штамма коронавируса, а тест необходимо было создавать быстро, — достигнутая чувствительность была приемлемой. Но сейчас, как мы видим, уже есть или разрабатываются более чувствительные наборы.
Чем плоха низкая чувствительность? Возможна ситуация, когда пациент явно инфицирован, но концентрация вируса в пробе у него ниже, чем 10
5. В этом случае результат тестирования будет отрицательным. Тест не выявит начало заболевания, либо слишком рано будет принято решение о том, что выздоравливающий пациент больше не выделяет вирусы и не может никого инфицировать.
