либо фаги развивают лавинообразный лизис боррелий, в результате которого происходит резкий скачок количества фрагментов ДНК, на которые реагирует ПЦР.
Это до лампочки. Если боррелии есть в материале, то пофиг в какой форме. При выделении нуклеиновых кислот растворяется и удаляется все, что не ДНК или РНК. Поэтому бактерия в биопленке, цисте, споре или в доспехах не имеет значения. Количество ДНК зависит исключительно от количества самих микробов. Фаги же мало того, что доберутся не до всех клеток сразу, так и действуют исключительно в живых бактериях. То есть, есть например 5 живых микробин, в идеале все 5 заразятся, разрушатся и выйдет 5 ДНКшек. И ПЦР все равно эти 5 не увидит, так как нужно условных 50 для чувствительности метода. А если не 5 живых, а 2 живых и 3 дохлых, то заразится и лизируется только 2, и выйдет 2 ДНК. В то время как при ПЦР все равно выделится 5 ДНКшек. В обоих случаях слишком мало для методики выявления, потому что в самом материале от человека изначально было мало боррелий.
Другое дело находить белки от размножившихся фагов, тут можно поиграться. Из условных 5 фагов сожравших (условно!!! вирусы не жрут бактерии) 1 боррелину с 1 ДНК выйдет не 5 условных белков, а 500 или 5000. Тут уже можно количественно увидеть повышение концентрации. Только вот цена такого метода и условия его проведения очень и очень вряд ли будут способствовать массовому распространению. Сложная, но достаточно точная, это да, методика для красивых научных изысканий. По сути, найдет в организме боррелий не больше, чем ПЦР. То есть, дофига мало.